荷蘭人統治台灣時，所有船不論漢人、日本人一律需繳稅，這個規定引起日本人非常不滿。
日本人並不好說話，他們堅持日本登陸台灣比荷蘭人早，荷蘭人有什麼資格叫他們繳稅？為了船稅日本與荷蘭時常一再發生衝突，關係越來越惡劣，荷蘭人實際上是欺善怕惡，因為日本人的人數比荷蘭人多，勢力上不輸荷蘭人，但是為了爭一口氣，因為關稅的關係雙方不肯讓步，鬧得水火不容，差一點演變到日本政府要對荷蘭政府聲明斷絕邦交的地步， 只有中國船在荷蘭人熱蘭遮城的大砲威脅下乖乖屈服，乖乖繳稅，荷蘭人由此結論出漢族移民的『中國性格』，原來是『師公嚇死鬼』，用嚇的較易屈就，從此以後荷蘭人對漢人更加殘忍不講理。
漢人敢怒而不敢言，日本人抗議到底，而在不遠處的菲律賓的西班牙人竟然也表示不滿，西班牙人生氣主要的原因是荷蘭人佔領南台灣，自然虎視眈眈的妄想台灣海峽的通商航線，西班牙以呂宋為基地，對日本以及中國皆有貿易往來，如果通商航線的中途被人控制，西班牙人的生意豈非成了泡影！加上當時的海上霸權，西班牙與荷蘭可說是兩大超級大國，軍力不相上下，於是，新仇加上舊恨，台灣問題就變成荷蘭與西班牙爭執的導火線。 西班牙的艦隊從呂宋出發，在一六二六年（天啟六年）走太平洋航線到台灣東部，發現三貂角，這是台灣最北的陸地終點，沿著海岸線到基隆，登岸後建立了聖薩爾瓦多城。
在一六二九年（崇禎二年），艦隊重新啟航，沿著台灣西北海岸進入淡水河口，再度建立第二座城堡聖多明哥城，於是，西班牙與荷蘭人分別佔領台灣南北部，西班牙這種擴張勢力的行為，自認為台灣統治者的荷蘭人當然是無法容忍，雙方激烈的戰爭將近要爆發了。