孫中山先生來過台灣四次，第一次來台灣是策劃惠州起義，第二次是在一九一三年攻打袁世凱失敗後，第三次是一九一八年廣東革命失敗後，第三次孫中山一共停留四十四日，只是一九二四年，最後一次來台灣，只有在基隆港口的船上並無上岸。惠州起義是由興中會時期所策動的革命行動之一，孫中山先生的自傳中有記載，將惠州起義的責任，由鄭士良負責，命令他的戰友陳少白等在香港接應援助，孫中山由日本轉渡台灣，想要由台灣設法進入大陸，當時台灣總督贊成中國的革命就派民政長官候藤與孫中山接洽，答應起義之後可以相助。
孫中山是由日本神戶坐「台南丸」（船名），經過馬關來台灣，在一九00年九月二十八日（光緒二十六年八月五日）到基隆，當時是兒玉總督親自去基隆迎接，這是孫中山第一次踏上台灣的土地，孫中山到台北了後，與興中會台灣支會的台籍會員吳文秀聯絡，並且設革命總司令部指揮地台北市新起町（今長沙街），親自坐鎮指揮一切的行動。兒玉總督原本答應要支援軍需品，但是正好日本內閣大臣山縣有朋呈請辭職，
日本天皇決定要伊藤博文組閣，山縣內閣的內務大臣打電報給兒玉總督說『孫逸仙在台灣，日本政府的動向，會因為如此發生困難，速想辦法迫使之離開台灣。』兒玉並無執行這個命令，因為新內閣不肯協助孫中山，但是新內總理伊藤對中國的方針與日本內閣完全不同，下令不准台灣總督與中國革命黨接洽。
因為向菲律賓採購的武器都是廢鐵，而且台灣總督也無法相助，惠州起義就因為兵器與彈藥不足而失敗，當時的台灣日日新報有記載惠州起義的消息，但是名稱是廣東暴動。十一月二日（日曆九月十九）孫中山以化名吳仲，坐橫濱丸離開台灣，繼續他反清的革命事業，這次來台灣前後有四十四天，也是來台灣中停留最久的一天。