總統唐景崧在六月四號的黃昏，日軍佔領台灣基隆台北之前，短命總統唐景崧在數十名侍衛保護之下，化妝逃出台北，六月六日坐德國商船從滬尾「淡水」，逃往中國廈門。
台南的人民知道唐景崧已經逃走，台北也落在亂人的手中，於是公推台灣防務幫辦劉永福為第二任的總統，設議院在府城，推選以舉人許顯理為議長。另一方面日軍以台北為大本營，兵分兩路，東攻宜蘭，西攻新竹，客籍丘逢甲統領義勇軍在新竹一代與日軍激戰，雙方面死傷是不計其數，但是最後抗日義軍慘敗，副將楊紫雲戰死，日軍勢如破竹奪下八卦山，迫使彰化城投降，經過沒多久，日軍又連連攻陷雲林彰化。
日軍攻陷嘉義的時候，誤入山谷中，被抗日義軍的林義成圍殺，北白川能久親王戰死。但是這個秘密日本人無宣佈，對外說是在台南生病死去的，嘉義失守後，義軍彈盡糧絕，孤立無援，統領邱逢甲也絕望的離開台灣，留下「宰相有權能割地，孤臣無力可回天」的悲慘的詩句，唐景崧丘逢甲逃離台灣，最後剩民主國第二任總統劉永福卻是堅持不變反抗日軍到底。
劉永福他一面堅守台南，一方面團結散軍，結合全島有錢的士紳，將義民軍募集軍糧，以黑旗為標記，成立黑旗軍與日本大軍激烈拼鬥，但是終於敵不過不斷增援配備精銳的日軍，拼死抗日的劉永福，終於被台南地區的生意人要求離開台灣，以免日軍入城以後報復屠殺無辜百姓。比起唐景崧、丘逢甲兩個人，劉永福最有心愛台灣的人，眼看戰敗連連，又軍心大亂之下，他悲痛從安平港做船離開台灣，台灣民主國終於冰消瓦解，留下的，只有面對前程一片茫然的台灣人民。
他悲憤看著在台灣的中國統治者，在危急的時候，「日頭赤炎炎，隨人顧性命」（台），最後拋棄人民，內心的痛苦是深刻無比。台灣最後還是淪入日本帝國的魔掌。