如果不是施琅的堅持，台灣的歷史可能就要重新改寫，此後將近三百年台灣悲慘的命運也可以改變，所以說到台灣的歷史，施琅是一個受爭論的問題人物，有一部份的歷史學家說施琅是台灣的罪人，直至最近以來，凡是出賣台灣的人，大部分都已施琅做比喻，這也是有道理的， 本來滿清消滅了鄭氏王朝之後，決定只留澎湖作為軍事要地，要將台灣的移民全部送回去大陸，要放棄台灣。
在滿清的印象中，台灣一直充滿問題，他認為移民全是不滿分子，而台灣自古以來就常常被海賊佔領，外國勢力也一直妄想台灣，滿清抱著多一事不如少一事的心態，想要放棄台灣以免以後增添麻煩！ 但是施琅卻是極力反對，他主張不可放棄台灣，他的理由是台灣是守備澎湖不可缺少的補給站，如果台灣被外國人佔領，就像鄭氏王朝一樣，會變成朝廷的禍害，這才是真正的麻煩！ 滿清朝廷認為施琅說的有理，所以將台灣收入中國的版圖。
一六八四年（康熙二十三年），在福建省之下設台灣府，管轄台灣縣（包括澎湖）、諸羅縣、鳳山縣，行政機構卻是照鄭氏時代的組織。 收入了中國版圖之後的台灣，明顯被當作是戒嚴的禁地，清朝對移民一向看做是不滿份子，認為他們充滿了危險性，是暴民，隨時會起來反抗、叛亂，必須要先用武力來鎮壓。滿清接管台灣之後，對著不超過二十五萬的漢族移民，竟然派一萬的重兵來駐守，這明白的顯示滿清對移民的戒備與故意。
敢怒不敢言的移民，自然不敢輕舉妄動，他們小心猜測這些新統治者未來的決策是什麼，就在彼此互相猜疑之下，台灣進入另一個時代！