鄭氏王朝的內鬥，加速著朝政的衰微，這使海峽的對岸，大清帝國決定要趁機會消減鄭氏王朝，滿清的征服台灣計劃，小心秘密的進行著，指派福建、浙江的總督姚啟聖擔任整個計劃的總指揮官，鄭氏的叛將施琅被封為水師提督，從事跨海攻打台灣的作戰準備，一切都在快馬加鞭之下進行。
彼岸唐山軍隊的調動，軍艦不斷出入金門、廈門一帶的海面，這一切已經明白表示滿清即將要攻打台灣了！ 鄭氏的軍隊已經接到情報，知道滿清要來進攻，即時嚴加戒備，軍務大臣劉國軒親身坐鎮在澎湖，準備要與滿清決一死戰，當時守衛澎湖群島的軍隊因為待遇差，士氣十分低落，並且向台灣一直催促補給，不滿的情緒很重，劉國軒一再安慰眾軍士，但是並無效果。鄭克塽於是與岳父馮錫範商討，馮鍚範主張向人民扣稅，遠在澎湖的劉國軒卻是極力反對！因為當時台灣人民非常貧困，無能力負擔重稅。
一定要嚴辦，這種措施，當然引起人民的怨嘆，整個台灣人陷入動亂不安中， 冷靜等待許久的滿清，終於發動攻擊了。
一六八三年(康熙二十二年，永歷三十七年)秋天，施琅統領戰船二百多隻，士兵三萬多名，踏上征服台灣的航程。在波浪滔天的澎湖群島的海面，與劉國軒指揮的一萬五千名鄭軍主力相遇，彼此以船攻擊對方，士氣低落的鄭氏船隊面對裝備精良且有備而來的滿清軍，被打的落花流水。船毀人亡，澎湖島岸也發生登陸戰，鄭軍是死傷纍纍。
劉國軒負傷回台灣，鄭克爽知道大勢已去，向滿清大軍投降，施琅不見血的佔領台灣，這個鄭氏叛將，真瞭解民心，他安頓歸順的鄭家官兵，用船載運他們回去大陸，對著原本懼怕清軍登陸，會大屠殺的人民，施琅貼出告示，免除台灣人民以後三年的稅苦，使得原本因為鄭氏王朝的重稅，而快要不能生活的人民非常歡喜，對著征服台灣的清軍露出歸順的好感， 與鄭成功同時渡海來台灣的明朝宗室之一的寧靖王朱術桂，眼看他五個王妃自殺之後，他也跟著上吊自殺，如今在台南市的五妃廟，就是朱術桂與他的五個愛妃自盡的地點。
明朝就在施琅的手中滅絕，成為歷史的過去。