鄭成功在初步瞭解台灣山川民情之後，他感覺這個島嶼資源豐富，土地肥沃，可以發展他的抱負，那時候，他仍然抱著反清復明的夢，將台灣當作他心中的「海外中國」，那種孤臣孽子的悲壯，有誰人解呢？
他開始推行新的統治體制，以赤崁為承天府，設府治，北路設天興縣，縣治台南佳里，南路設萬年縣，縣設在高雄左營，二地攏屬承天府管轄。那時移民口中所流傳，說台灣是「埋冤」！鄭成功感覺不吉祥，就統領部屬莊嚴拜山川眾神，將台灣全島改名「東都」。
鯤身島為安平鎮，自已則坐鎮在名為赤崁的熱蘭遮城執政，（今之安平古堡）被荷蘭統治了三十八年久的漢族移民經過了改朝換代，看見鄭成功所實施的體制，感覺這種中國式的政治機構比荷蘭較易使人接受。
在土地方面，鄭成功始施行屯田制度，所謂屯田制度，就是所屬的文武百官除了在駐地興建各自的官府營房以外，允准按照家眷的多少取所需要的土地，永遠為世代的產業，但不可以侵犯到原住民移民現有的耕地，文武百官應先申報土地的位置和面積，然後開墾，人民必須申報現有的耕地，取得認可，如有違法的情形即遭沒收，嚴格處罪。
這樣的一種獎勵土地私有化佔有權，嚴格講起來是有稍微搶奪的意味。但是屯田制亦有正面的意義，土地的分配言明是「永為世業」，是鄭成功有意要讓他的部屬在台灣永遠安身立業，以這個島做為世代子子孫孫承傳的永久家園了。
這一切的措施，對於追隨這位明朝最後將軍，流亡到台灣的軍隊來講，也是一個可以暫時安身立命的所在，他沒理由不在台灣落葉生根，成為命運的共同體。根據歷史記載，荷蘭時代末期，台灣的人口估計大約有十萬人，跟鄭成功來台灣的士兵有二萬五千名，家眷有五千人。一六六四年（康熙三年，永曆十八年），鄭經又再統領六、七千名士兵與家眷來台灣，統計跟鄭家來台灣的人口約有四萬人。
所以增加糧食生產，擴充兵員成為鄭王朝的至上要求。