雖然看著海峽波浪的盡頭，鄭成功的一百艘戰船軍旗飄揚，來勢凶猛。但是驕傲的荷蘭人並沒放在心上，他仗勢鹿耳門一帶，形勢險惡暗礁密佈，有這種天然的防線，料想鄭成功\的船隊必然無法順利登陸，因為有何斌的航海相助，再加上鄭成功以及他的部屬，在要渡海來台灣的之前，對於登陸地點已經做多方面的推測與研究。
到鹿耳門外，鄭成功\的戰船竟然避開熱蘭遮城把守的南口（一鯤申和北線尾之間），由偏道北口（北線尾和加老灣之間）攻入。
荷蘭人大驚失色，一時顯得十分的狼狽，已經在岸邊成群守候的漢族移民看見船隊平安進入內海，歡喜揮手呼喚，並且快速以小船，牛車協助鄭成功的軍隊登陸，鄭成功踏上台灣的土地，這片生疏又美麗的島嶼，那時是一六六一年四月。
台江內海佈滿了鄭成功的船隊，砲火對準赤崁城這個時候，赤崁城已經陷入完全孤立的狀態，沒多久就開門投降，並無發生任何的戰鬥。而固守熱蘭遮城的荷蘭長官揆一王，指責鄭成功不該出兵侵犯台灣，他要打到最後的一兵一卒，絕對不投降，荷蘭人表現了強硬的姿態，但是內心實在是懼怕，他趕緊向巴達維亞求援，另外一方面又連線原住民，想要二面夾攻鄭成功的部隊。
但是人算不如天算，荷蘭人的計劃失敗，主要是巴達維亞太過遙遠了，而趕往各原住民部落連絡的人，全部在半路被殺，各方的援兵被截斷，荷蘭長官揆一王終於投降。
代表著荷蘭人統治台灣的熱蘭遮城被鄭成功的大軍佔領。 一六六二年二月，荷蘭人與鄭成功簽訂和約，是很紳士的君子協定，並不是所謂戰勝者君臨戰敗者，而是站在轉讓者與承讓者的相對立場。
除了荷蘭金司的資產以外，荷蘭人獲准帶走所有的私有財產，以及航行的巴達維亞所需要的糧食雜貨，武器彈葯，並且可以奏樂，真有尊嚴的離開台灣，同時結束了荷蘭統治台灣三十八年的歷史。