赤崁樓的荷蘭守軍根本想不到，郭懷一會統領如此多漢族的移民來攻打城堡。移民憤怒的喊聲震動天地，寒光閃閃兵器在火光中閃爍，這一切說明移民已經到無法忍受的地步，荷蘭人面對這種驚人的場面只有驚醒慌，腳忙手亂應變。移民合力撞開赤崁樓的城門，直接攻入城內，荷蘭人的守軍在無準備之下當然是雙手難敵猴群，像喪家之犬四處逃走，無路可逃的人被亂刀分屍。郭懷一輕易攻下赤崁樓，並且屠殺了附近的荷蘭人一千外人。
並且放火燒城，大力破壞。 台江岸邊，燒城的熊熊烈火照紅深夜半邊的天色，荷蘭人的屍體橫倒在殘破的赤崁樓內外，移民是出了一口怨氣，但是在怨氣出了之後，更大的危險漸漸來臨了，郭懷一知道，荷蘭人的報復將近要展開了，他憂愁的站在台江西岸，眼看著殘破火光熊熊的赤崁樓，內心想：這條命必須葬身在台灣了。
荷蘭當局在台灣第十任長官費爾布克，對熱蘭遮城發出了命令。他派遣了一百二十名荷蘭兵，在台江西岸與移民軍隊雙方對峙一個禮拜，先刺探虛實，發現人數雖然多的移民軍隊是烏合之眾，無組織，所採用的武器只有鋤頭、犛、棍仔及少數的火槍，知道這種情形之後，荷蘭人決定要採取主動的攻勢，荷蘭人動員了二千名原住民趕來助戰，並且提供精密的火器，更加允許原住民抬人頭去祭神，原本受到漢族移民欺負的原住民，受著荷蘭人鼓舞，自然是奮力向前，身先士卒了。
這是早期的台灣史上，最慘烈的一場屠殺，一千八百名前鋒移民軍被殺得片甲不留，郭懷一也壯烈戰死，他的副將也被擒處以火刑，還被遊街斬頭示眾，另外兩個隊長被荷蘭人殘忍的下令五馬分屍，群龍無首之後，殘存的移民軍隊知道台江西岸的先鋒部隊全部被消滅，紛紛逃到二層行溪邊固守南岸，原住民有人了解水性，引導荷蘭軍隊渡溪，並且重重包圍，移民軍隊四面楚歌，在漚汪（今北門鄉）與荷蘭人，原住民奮戰七天七夜，結果全軍覆滅。
郭懷一的抗暴事件，被殺害的移民包括男性四千人，女性與孩童五千人，台江西岸戰死甚至不包括在內，漢族移民元氣大傷。就在荷蘭人以為這次的屠殺可以殺雞儆猴，阻止漢人的反抗意識時，未預料，改變台灣命運的時刻來臨了，遠遠的地平線海面上，已經有不計其數的船隊，浩浩蕩蕩的向台灣前進。