奸巧的荷蘭人內心非常的清楚，他們對漢族移民與原住民的個性都有深入的研究，最後得到的結論是：原住民不但單純聽話，而且常常被漢人欺負，內心早已有許多的不滿與怨恨。
如果可以利用原住民的不滿情緒，予以教化，就可以來買收原住民，成為荷蘭人利用的工具，作為南台灣的統治者來講，荷蘭人除了數百名官員，商人以及家屬之外，所有的武裝兵力只有九百多人，並且分別駐守在19個地方，以這股勢力想要統治南台灣也是不足，所以一定要聯合原住民來對抗漢人，在荷蘭統治台灣的期間，確實漢人常常治在欺負原住民，比如說：漢人向純良老實的老百姓買土地，申明講要買一塊『牛皮』大的土地就好，單純的原住民心想一塊牛皮大的土地不過是一個人雙手展開那麼大而已，所以即時答應成交。
等到契約達成後，奸詐的漢人就用利刀將整塊牛皮切成一條，然後接成繩索，將土地用牛皮索仔圍一大圈，和人說：這就是我要的『牛皮』大的土地，諸如此類的欺騙行為，難怪原住民對漢人十分不滿， 另外最不可原諒的是漢人姦淫原住民的女子，強行掠奪，殺害原住民的例子是不計其數，在四百年的台灣史上，漢人對不起原住民是絕對必須向受害的原住民抱歉的， 荷蘭人雖然與原住民互相利用，但是衝突也是有，畢竟兩個完全不同文化的人，衝突是無法避免的。
最早與荷蘭人接觸的是新港社的原住民，他們最初給荷蘭人種種的方便，後來漢人煽動他們去殺害荷蘭的士兵。荷蘭人為了要報復，就用猛烈的砲火攻擊新港社，原住民不是對手，才與荷蘭人講和。
一六二五年，荷蘭人在台江西岸建築赤崁樓，原住民將土地賣出去，並且集體遷村到新市附近。
1927年,荷蘭第一位傳教士侃第牛斯進入原民部落原住民的部落，學習西拉雅語，開始對原住民傳教。